edf壹定发

全体研究组长

杨 力

中科院计算生物学重点实验室,真核转录组研究组组长

研究方向:计算生物学、转录组系统生物学与生物信息、高通量测序与前沿技术

电子邮件(E-mail):liyang@picb.ac.cn

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简历 & 研究方向

 

2011-至  今,edf壹定发-马普学会计算生物学伙伴研究所,研究员
2010-2011年,edf壹定发上海生命科学研究院,研究员/科研处处长
2007-2010年,美国康涅狄格大学,博士后
2004-2006年,美国耶鲁大学,博士后
1998-2004年,中科院上海生物化学与细胞生物学研究所,研究生/博士学位

研究方向

 

  杨力研究员长期从事计算生物学、转录组系统生物学与生物信息、高通量测序与前沿技术等研究。近期主要在RNA转录组学及相关技术创新体系研究中取得了一系列原创性研究进展。1. 构建高效计算生物学新体系,揭示外显子环形RNA生成加工及其多层次调控的新机制:创建预测外显子环形RNA流程(CIRCexplorer)等的计算生物学新技术体系,揭示外显子环形RNA的生成加工受互补序列调控新机制、广泛存在及其与线形RNA竞争序列基础(Cell, 2014); 升级版CIRCexplorer2,发现外显子环形RNA的可变反向剪接和可变剪接及其调控新机制(Genome Res, 2016);建立全新假基因计算分析流程(CIRCpseudo),发现外显子环形RNA是基因组假基因的新来源(Cell Res, 2016);发现NF90和NF110促进产生环形RNA及其参与抗病毒免疫反应的新机制(Mol Cell, 2017);开发计算互补序列配对能力的分析流程(CSI),发现Alu高强度互补配对是导致环形RNA在人类特异性高表达的新机制(RNA Biol, 2017);建立计算转录速度的全新分析流程(TERate),发现外显子反向剪接与转录偶联及其调控新机制(Cell Rep, 2016)。2. 开展转录组大数据整合及计算生物学分析,发现RNA单碱基编辑和修饰互作等多个水平差异的分子基础与调控:整合多维度转录组生物大数据开展计算生物学分析,阐明RNA甲基化修饰对RNA编辑的负向调控作用及其分子机制(Mol Cell, 2018; Cell Res, 2015;BMC Genomics, 2013);揭示单倍体干细胞中印记基因异常表达及其矫正后可克隆胚胎发育的单倍体细胞(Cell Stem Cell, 2015);揭示内含子环形RNA的生成新机制和调控转录新功能(Mol Cell, 2013);对剪接后内含子来源的特殊长非编码RNA(sno-lncRNA)开展计算研究(SNOLNCfinder),系统揭示其进化差异表达及调控机制(Genomics Data, 2014; BMC Genomics 2014)。3. 建立高通量技术系统和多种高效单碱基编辑新体系,阐明CRISPR/Cas基因组编辑的非靶向突变机制:建立高通量技术系统,揭示胞嘧啶脱氨酶(APOBEC)在CRISPR/Cas9介导的基因组编辑过程中产生突变的新机制(Nat Struct Mol Biol, 2018);构建基于CRISPR/Cas9的增强型碱基编辑器,实现 G/C碱基富集区高精度的单碱基编辑(Cell Res, 2017);开发基于CRISPR/Cpf1的增强型碱基编辑器,实现 A/T碱基富集区高精度的单碱基编辑(Nat Biotechnol, 2018)。
  未来的研究工作将继续利用计算与实验相结合的交叉研究手段,在转录组水平对RNA表达调控网络和功能作用及其序列进化基础等开展研究,希望从全新的角度对功能转录组及其复杂调控网络有更深入的认识。

 

代表性论文(* 通讯编辑)

 

    1.    Li XS#, Wang Y#, Liu YJ#, Yang B#, Wang X, Wei J, Lu Z, Zhang Y, Wu J, Huang X*, Yang L* and Chen J*. Base editing with a cpf1-cytidine deaminase fusion. Nature Biotechnology, 2018, doi:10.1038/nbt.4102

    2.    Xiang JF#, Yang Q#, Liu CX#, Wu M, Chen LL* and Yang L*. N6-Methyladenosines Modulate A-to-I RNA Editing. Molecular Cell, 2018, 69(1): 126-135

    3.    Lei L#, Chen H#, Xue W#, Yang B#, Hu B#, Wei J, Wang L, Cui Y, Li W, Wang J, Yan L, Shang W, Gao J, Sha J, Zhuang M, Huang X, Shen B*, Yang L* and Chen J*. APOBEC3 induces mutations during repair of CRISPR–Cas9-generated DNA breaks. Nature Structure Molecular Biology, 2018, 25(1): 45–52

    4.    Yang L* and Chen LL*. Enhancing the RNA engineering toolkit. Science, 2017, 358(6366): 996-997

    5.    Wang L#, Xue W#, Yan L#, Li X, Wei J, Chen M, Wu J, Yang B*, Yang L* and Chen J*. Enhanced base editing by co-expression of free uracil DNA glycosylase inhibitor. Cell Research, 2017, 27(10): 1289-1292

    6.    Li X#, Liu CX#, Xue W#, Zhang Y, Jiang S, Yin QF, Wei J, Yao RW, Yang L* and Chen LL*. Coordinated circRNA Biogenesis and Function with NF90/NF110 in Viral Infection. Molecular Cell, 2017, 67(2): 214-227

    7.    Dong R#, Ma XK#, Chen LL* and Yang L*. Increased complexity of circRNA expression during species evolution. RNA Biology, 2017, 14(8): 1064-1074

    8.    Zhang XO#, Dong R#, Zhang Y#, Zhang JL, Luo Z, Zhang J, Chen LL* and Yang L*. Diverse alternative back-splicing and alternative splicing landscape of circular RNAs. Genome Research, 2016, 26(9): 1277-1287

    9.    Dong R, Zhang XO, Zhang Y, Ma XK, Chen LL and Yang L. CircRNA-derived pseudogenes. Cell Research, 2016, 26(6): 747-750

    10. Zhong C#, Yin Q#, Xie Z#, Bai M#, Dong R#, Tang W, Xing YH, Zhang H, Yang S, Chen LL, Bartolomei MS, Ferguson-Smith A, Li D, Yang L*, Wu Y* and Li J*. CRISPR-Cas9-Mediated Genetic Screening in Mice with Haploid Embryonic Stem Cells Carrying a Guide RNA Library. Cell Stem Cell, 2015, 17(2): 221-232

    11. Yang L* and Chen LL*. Microexons go big. Cell, 2014, 159: 1488-1489

    12. Zhang XO#, Wang HB#, Zhang Y, Lu X, Chen LL* and Yang L*. Complementary sequence-mediated exon circularization. Cell, 2014, 159: 134-147

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