edf壹定发

全体研究组长

杨 力

中科院计算生物学重点实验室,真核转录组研究组组长

研究方向:计算生物学与生物信息、转录组系统生物学与非编码RNA、基因组学与碱基编辑前沿新技术

电子邮件(E-mail):liyang@picb.ac.cn

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简历 & 研究方向
2011-至 今,edf壹定发-马普学会计算生物学伙伴研究所,研究员
2010-2011,edf壹定发上海生命科学研究院,研究员/科研处处长
2007-2010,美国康涅狄格大学,博士后
2004-2006,美国耶鲁大学,博士后
1998-2004,中科院上海生物化学与细胞生物学研究所,研究生/博士学位

研究方向
杨力博士长期从事针对基因组和转录组的计算生物学及相关碱基编辑前沿技术创新体系研究。近期,构建一系列高效计算生物学新体系,阐明环形RNA生成加工受互补序列调控新机制、绘制环形RNA可变反向剪接和可变剪接图谱、发现环形RNA通过其特殊二级结构与免疫因子互作参与先天免疫调控等;开展大数据整合分析,揭示RNA碱基编辑和修饰互作及机制,并利用核酸编辑酶创建多种高效基因组碱基编辑新体系。具体来讲:
1. 构建高效计算生物学新体系,揭示外显子环形RNA在生成加工和功能作用水平的多层次调控新机制。包括:1)创建预测外显子环形RNA流程(CIRCexplorer)等计算生物学新技术体系,阐明外显子环形RNA的广泛存在、其生成加工受互补序列调控新机制、及其与线形RNA竞争序列基础(Cell, 2014),进一步开发升级版的环形RNA分析流程(CIRCexplorer2),全面揭示外显子环形RNA产生的复杂可变反向剪接和可变剪接及其调控新机制(Genome Res, 2016);2)通过对环形RNA降解、结构和特异结合蛋白的系统研究,发现环形RNA可以通过特异性结合免疫相关蛋白因子PKR和特异性被核酸内切酶RNase L降解参与机体的先天免疫调控(Cell, 2019),同时筛选发现NF90和NF110促进环形RNA产生及其参与抗病毒免疫反应的新机制(Mol Cell, 2017);3)开发一系列计算分析新流程,结合实验发现环形RNA在其它多个层次的调控机制,包括发现外显子反向剪接与转录偶联及其调控新机制(Cell Rep, 2016)、发现Alu高强度互补配对导致环形RNA在人类特异性高表达的新机制(RNA Biol, 2017)、发现外显子环形RNA通过逆转录产生基因组假基因(Cell Res, 2016);4)构建环形RNA表达图谱数据库对环形RNA的复杂表达进行全面注释(Genomics Proteomics Bioinformatics, 2018)。
2. 开展大数据整合及计算生物学分析,主要发现RNA单碱基编辑和修饰互作的分子基础,并进一步利用核酸编辑酶构建高效基因组碱基编辑新体系。包括:1)整合多维度转录组生物大数据开展计算生物学分析,阐明RNA甲基化修饰对RNA编辑的负向调控作用及其分子机制(Mol Cell, 2018; Cell Res, 2015);2)发展高通量研究和分析手段,构建多种新型高效基因组碱基编辑系统,包括可在基因组DNA高甲基化区域实现高精度碱基编辑的新系统(Nat Biotechnol, 2018a)和可在A/T碱基富集区实现高精度碱基编辑新系统(Nat Biotechnol, 2018b),相关研究均被Nat Methods作为亮点报道推介;3)开展多层次组学大数据整合及计算生物学分析揭示基因表达的复杂调控,包括揭示单倍体干细胞中印记基因异常表达及其矫正后可克隆胚胎发育的单倍体细胞(Cell Stem Cell, 2015)、阐述内含子来源的不同长非编码RNA生成新机制和调控新功能(BMC Genomics 2014;Genomics Data 2014)、发现胞嘧啶脱氨酶(APOBEC)在CRISPR/Cas9介导的基因组编辑过程中产生突变的新机制(Nat Struct Mol Biol, 2018)、构建可降低非目的突变的增强型碱基编辑器(Cell Res, 2017)。

获奖情况
国家杰出青年科学基金(2019)
edf壹定发优秀导师奖(2017)
edf壹定发“百人计划”终期评估优秀(2016)
科技部”创新人才推进计划”中青年科技创新领军人才(2015)
edf壹定发优秀导师奖(2015)
edf壹定发大学-BHPB导师科研奖(2015)
明治生命科学奖(2014)
中科院“百人计划”(2012)
人力资源和社会保障部留学人员科技活动项目择优资助(2012)
上海市“浦江人才”计划(2011)

简历 & 研究方向

  1. Liu CX#, Li X#, Nan F#, Jiang S, Gao X, Guo SK, Xue W, Cui Y, Dong K, Ding H, Qu B, Shen N*, Yang L* and Chen LL*. Structure and degradation of circular RNAs regulate PKR activation in innate immunity. Cell, 2019, 177:865-880
    Highlighted by Cell, 2019, 177:797-799
    Highlighted by Science, 2019, 364:847
    Highlighted by Nat Rev Immunol, 2019, 19:351
    Highlighted by Nat Rev Mol Cell Biol, 2019, 20:387
    Highlighted by Cell Biosci, 2019, 9:43
    Highlighted by F1000 Prime, https://f1000.com/prime/735608202
    Highlighted by Science News Magazine, https://www.sciencenews.org/article/lack-circular-rna-may-trigger-lupus
  2. Yang B*, Chen J*, Yang L*. To BE or not to BE, that is the question. Nat Biotechnol, 2019, 37:520-522 (News and Views)
  3. Dong R#, Ma XK#, Chen LL and Yang L*. Genome-wide annotation of circRNAs and their alternative back-splicing/splicing with CIRCexplorer pipeline. Methods Mol Biol, 2019, 1870:137-149 (Book chapter)
  4. Dong R#, Ma XK#, Li GW and Yang L*. CIRCpedia v2: An Updated Database for Comprehensive Circular RNA Annotation and Expression Comparison. Genomics Proteomics Bioinformatics, 2018, 16:226-233
  5. Wang X#, Li J#, Wang Y#, Yang B#, Wei J#, Wu J, Wang R, Huang X*, Chen J* and Yang L*. Efficient base editing in methylated regions with a human APOBEC3A-Cas9 fusion. Nat Biotechnol, 2018, 36:946-949
    Highlighted by Nat Methods, 2018, 15:763
    Highlighted by Nature Index, 2018, https://www.natureindex.com/article/10.1038/nbt.4198
  6. Li X#, Wang Y#, Liu Y#, Yang B#, Wang X, Wei J, Lu Z, Zhang Y, Wu J, Huang X*, Yang L*, and Chen J*. Base editing with a Cpf1-cytidine deaminase fusion. Nat Biotechnol, 2018, 36:324-327
    Highlighted by Nat Methods, 2018, 15:314
  7. Lei L#, Chen H#, Xue W#, Yang B#, Hu B#, Wei J, Wang L, Cui Y, Li W, Wang J, Yan L, Shang W, Gao J, Sha J, Zhuang M, Huang X, Shen B*, Yang L* and Chen J*. APOBEC3s induce mutations during the repair of CRISPR/Cas9-generated DNA breaks. Nat Struct Mol Biol, 2018, 25:45-52
    Highlighted by Nature Index, 2018, https://www.natureindex.com/article/10.1038/s41594-017-0004-6
  8. Xiang JF#, Yang Q#, Liu CX#, Wu M, Chen LL* and Yang L*. N6-methyladenosines modulate A-to-I RNA editing. Mol Cell, 2018, 69:126-135
  9. Yang L* and Chen LL*. Enhancing the RNA engineering toolkit. Science, 2017, 358:996-997 (Perspective)
  10. Li X#, Liu CX#, Xue W#, Zhang Z, Jiang S, Yin QF, Wei J, Yao RW, Yang L* and Chen LL*. Coordinated circRNA biogenesis and function with NF90/NF110 in viral infection. Mol Cell, 2017, 67:214-227 (Featured article)
    Highlighted by Mol Cell, 2017, 67:163-164
    Highlighted by Nature Index, 2018, https://www.natureindex.com/article/10.1016/j.molcel.2017.05.023
  11. Chen LL* and Yang L*. ALUternative regulation for gene expression. Trends Cell Biol, 2017, 27:480-490 (Review)
  12. Dong R#, Ma XK#, Chen LL* and Yang L*. Increased complexity of circRNA expression during species evolution. RNA Biol, 2017, 14:1064-1074
  13. Luo Z, Yang Q and Yang L*. RNA structure switches RBP binding. Mol Cell, 2016, 64:219-220 (Preview)
  14. Zhang XO#, Dong R#, Zhang Y#, Zhang JL, Luo Z, Zhang J, Chen LL* and Yang L*. Diverse alternative back-splicing and alternative splicing landscape of circular RNAs. Genome Res, 2016, 26:1277-1287
  15. Dong R, Zhang XO, Zhang Y, Ma XK, Chen LL and Yang L*. CircRNA-derived pseudogenes. Cell Res, 2016, 26:747-750
  16. Yang L*. Splicing noncoding RNAs from the inside out. Wiley Interdiscip Rev RNA, 2015, 6:651-660 (Review)
  17. Chen LL* and Yang L*. Gear up in circles. Mol Cell, 2015, 58:715-717 (Preview)
  18. Chen LL* and Yang L*. Regulation of circRNA biogenesis. RNA Biol, 2015, 12:381-388 (Review)
  19. Yang L* and Chen LL*. Microexons go big. Cell, 2014, 159:1488-1489 (Preview)
  20. Zhang XO#, Wang HB#, Zhang Y, Lu X, Chen LL* and Yang L*. Complementary sequence-mediated exon circularization. Cell, 2014, 159:134-147
    Highlighted by Cell, 2014, 159:13-14
    Highlighted by Nat Rev Genet, 2014, 15:707
    Highlighted by F1000 Prime, https://f1000.com/prime/718882519
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